王亚东

王亚东，教授，博士生导师；

求学经历

和学生合影

1982.09-1986.03

王亚东教授主持完成国家科技重大工程、

1. 全球首创个人基因组浏览器Personal Genome Browser（PGB）

哈工大生物信息学研究团队研发了全球首创的个人基因组浏览器（PGB）。用户使用该系统可简洁、直观的浏览自己的个人基因组，实现认知自己基因组的梦想。该系统为世界提供了首个个人基因组数据可视化框架；同时，其集成了数十个基因型-健康表型知识库，提供基于个人基因组的健康风险预测，成为个性化健康的支撑平台。该系统受到国际同行的高度评价：“You do a lot of great works to the world！”

2. 全球首创家系基因组浏览器（FGB，Family Genome Browser）

在个人基因组浏览器基础上，哈工大生物信息学研究团队研发了世界首个家系基因组浏览器（FGB）。用户使用该系统可同时浏览一个家族的基因组；该系统提供了基因组变异分析、基因组全新变异（de novo mutation）检测、基因组重组识别等基因组分析工具。该系统受到国际同行的高度评价：“This is an important and valuable contribution and authors use state-of-the-art software engineering.”

3. 基于图索引的高通量测序片段比对算法deBGA

哈工大生物信息学研究团队研发了基于图索引的高通量测序片段比对算法deBGA。该算法创新性地建立了基因组的图结构组织和索引，并在此基础上设计实现了基于基因组图索引测序片段快速比对方法。该算法利用基因组图索引，有效地解决了大量测序片段向大量参考基因组比对的难题，并大幅降低了测序片段比对的时间代价，使高通量测序片段比对的速度相较于当前主流算法提升了数十倍。该算法获得了国际同行的高度评价：“该工作向实现基于群体参考基因组的快速序列比对迈出重要一步，这将有望实现长期以来反复讨论但尚未实现的融合已知变异信息的序列比对方法。”

4. 面向海量基因组序列的索引算法deBWT

哈工大生物信息技术团队研发了针对海量基因组数据的BWT索引建立算法deBWT。该算法采用基于de Bruijn图分支路径的创新性数据结构，有效解决了BWT索引建立过程中长重复后缀（suffix with long common prefix）的比较问题，并突破了基于增量策略（incremental approach）的BWT索引构建算法难以并行化的瓶颈，形成了高速、高度可并行化的BWT索引构建算法与系统。该算法获得了国际同行的高度评价：“此项工作是基因组索引方面一项出色的理论贡献，其产生的影响将不止于广泛应用于基因组索引，也将延伸至其他相关应用中。”

在《Bioinformatics》（SCI,IF 5.766）、《Nucleic Acids Research》（SCI,IF 9.202）、《BMC Bioinformatics》（SCI,IF 2.435）、《Human Mutation》（SCI,IF 5.089）、《BMC Genomics》（SCI,IF 4.40）等国际着名期刊发表论文150余篇。

Teng Mingxiang et al. Wang Y. regSNPs: a strategy for prioritizing regulatory single nucleotide substitutions. Bioinformatics. 2012

Liu B, Guo H, BrudnoM, Wang Y*. deBGA: read alignment with de Bruijn Graph-based seed and extension. Bioinformatics, 2017

Liu B, Jiang T, Yiu SM, Li J, Wang Y*. rMFilter: acceleration of long read-based structure variation calling by chimeric read filtering. Bioinformatics. 2017

Liu B, Gao Y, Wang Y*. LAMSA: fast split read alignment with long approximate matches. Bioinformatics. 2017

Liu B, Zhu D, Wang Y*. deBWT: parallel construction of Burrows-Wheeler Transform for large collection of genomes with de Bruijn-branch encoding. Bioinformatics, 2016

Liu B, Guan D, Wang Y*. rHAT: fast alignment of noisy long reads with regional hashing. Bioinformatics, 2016,32（11）：1625-1631

Yongzhuang Liu, Jian Liu, Jianguo Lu, Jiajie Peng, Liran Juan, Xiaolin Zhu, Bingshan Li, Wang Y*. Joint detection of copy number variations in parent-offspring trios. Bioinformatics, 2015: btv707.

Jiajie Peng, Tao Wang, Jixuan Wang, Wang Y*, Jin Chen*. Extend Gene Ontology based on gene network data. Bioinformatics. 2016, Pages 1185–1194

L Juan, Y Liu, Y Wang, M Teng, T Zang, Wang Y*. Family genome browser: visualizing genomes with pedigree information. Bioinformatics, 2015: btv151.

Liu Y, Li B, Tan R, Zhu X, Wang Y*. A gradient boosting approach for filtering de novo mutations in parent-offspring trios. Bioinformatics. 2014 Mar 10

Jiang Yue, Wang Y*, Brudno Michael. PRISM: Pair-read informed split-read mapping for base-pair level detection of insertion, deletion and structural variants. Bioinformatics. 2012

2017年5月17日，在民建黑龙江省九届一次全委会议上，选举王亚东为民建黑龙江省第九届委员会副主任委员。