中国农业科学院农业经济与发展研究所原名“农业经济研究所”，筹建于1955年。
1958年5月10日，农业经济研究所正式成立。
1970年，农业经济研究所被撤销建制。
1979年4月，农业经济研究所恢复建制。
1988—1992年，曾与中国农业科学院科技文献信息中心部分研究室等单位组成科研实体，以“农业部农业发展战略研究中心”和“中国农业科学院农业经济与科技发展研究中心”名义开展活动，农经所的建制仍保留。
2005年1月1日，改名为中国农业科学院农业经济与发展研究所。
2005年12月，研究所成立中国农业科学院农业经济与政策顾问团。
截至2011年6月，中国农业科学院农业经济与发展研究所有职工148人，其中在职职工96人，离退休职工52人。在职人员中，具有专业技术职称人员为91名，其中高级职称人员55名，占在职人员总数的57%；正高级专业技术人员23人，副高级专业技术人员32人，分别占高级专业技术职称人员的42%和58%；具有博士学位的47人、硕士学位16人，分别占职工总数49%和17%。
科研部门
截至2011年1月，中国农业科学院农业经济与发展研究所有国家级实验室1个，此外研究所还设有农业政策、农业技术经济、畜牧经济、贫困与发展、资源与环境、农产品流通与国际贸易、食物安全与营养7个研究室及企业经济、区域经济、数字化、海峡两岸农业发展4个研究中心。
国家级实验室（1个）：国家农业政策分析与决策支持系统开放实验室设施资源
馆藏资源
截至1992年6月，中国农业科学院农业经济与发展研究所图书馆共藏书6200余种，12514册；其中经济类图书2000余种，4163册；农业经济类图书有1169种，2338册；有关农业经济类学术期刊60余种，4644册。
截至2011年1月，中国农业科学院农业经济与发展研究所馆藏各类图书14300多册，统计年鉴2600余册，内部资料4390余册，期刊合订3600册，报纸24种。
此外，该所较完整地收集了从1978年至今各种主要年鉴。拥有宏观统计年鉴，部门经济统计资料，全国各省市经济统计年鉴和部分国外经济统计年鉴2600余册。
1979～2006年，中国农业科学院农业经济与发展研究所共有39项科研成果获得各类成果奖励41项，其中获得国家科技进步二等奖1项、三等奖1项；部委科技进步一等奖3项，二等奖10项，三等奖15项；省市科技进步二等奖2项，三等奖5项；中国农业科学院科技进步一等奖2项，二等奖2项 。
2014年，中国农业科学院农业经济与发展研究所共获得各类基金和“十三五”规划编制重大招标项目25项，其中各类国家基金项目11项，农业部、科技部和发改委“十三五”重大招标项目10项，农业部软科学4项，国家社科基金重大项目申报立项实现中国农科院首次突破。
截至2012年1月，中国农业科学院农业经济与发展研究所学术刊物编辑出版全国一级学会期刊二种，分别为：《农业经济问题》月刊、《农业技术经济》双月刊，分别报道农业经济、农业技术经济领域中的热点问题。此外，农经所还编印《研究简报》、《判断与思考》等内部刊物，供有关部门和研究单位参考。
《农业经济问题》
《农业经济问题》1980年创刊，由中国农业经济学会和中国农业科学院农业经济与发展研究所联合主办，是国家自然科学基金委员会管理学部认定的17种重点期刊之一。
《农业经济问题》1998年入选《中文社会科学引文索引》（CSSCI）经济学科来源期刊，1999年被中国科学引文数据库（CSCD）收录为管理学类来源期刊。2003年7月成功地加入中国基础知识工程，成为中国期刊数据库（CJFD）全文收录期刊和中国学术期刊综合评价数据库（CAJCED）统计源期刊。2003年10月被列为《中文科技期刊数据库》，2004年再度入选《中国人文社会科学核心期刊》。作为中国经济类、农业经济类和贸易经济类农业类核心期刊，曾荣获国家新闻出版署全国社科期刊奖提名奖，在《中国社会科学研究计量指标－论文、引文与期刊引用统计》（1998）中，其影响因子和被引总数分别位于经济学科的第六位和第七位，在农业经济刊物中名列第一位；在由中国社会科学评价中心组织的来源期刊专家定量评价中，《农业经济问题》的评价值亦列于农业经济学科首位；在2000年的CSSCI的评价中，名列经济类期刊第十位、农业经济类第一位。
《农业技术经济》
由中国农业技术经济研究会和中国农业科学院农业经济与发展研究所共同主办，是国内外公开发行的学术性期刊和全国农业经济类的核心期刊。
《农业技术经济》1998年入选《中文社会科学引文索引》（CSSCI）经济学科来源期刊，1999年被中国科学引文数据库（CSCD）收录为管理学类来源期刊。2003年加入中国基础知识工程，成为中国期刊数据库（CJFD）全文收录期刊和中国学术期刊综合评价数据库（CAJCED）统计源期刊。2003年10月被列为《中文科技期刊数据库》，2004年再度入选《中国人文社会科学核心期刊》。
《研究简报》
《研究简报》是中国农业科学院农业经济与发展研究所编辑的内部资料，《研究简报》创建于1992年，主要内容包括学术观点和研究动态两部分。研究动态主要报导该所重大学术活动，如出国访问、外出开会、调查、外事往来及其它重大学术交流活动等。从1992年到2011年末，《研究简报》总共编印240期，供有关部门和研究单位参考。
《判断与思考》
《判断与思考》简报是中国农业科学院农业经济与政策顾问团主办，《判断与思考》由中国农业科学院农业经济与发展研究所负责编辑、发行的不定期内部资料，供国家有关部门和中央领导决策参考。2008年创刊，至2011年底共发行28期，为国家宏观决策提供参考。
截至2013年10月，中国农业科学院农业经济与发展研究所有一级学科博士点1个，二级学科博士点1个，二级学科硕士点1个。农林经济管理学科是2003年国务院学位委员会批准的具有博士一级学科学位授权的学科，国务院学位委员会分别于1981年11月和1986年7月批准农业经济管理专业的硕士学位和博士学位的授予权。
中国农业科学院农业经济与发展研究所从1994年9月开始招收博士后研究人员，流动站（一级学科）名称为农林经济管理，专业（二级学科）名称为农业经济管理。
博士点：农林经济管理（一级学科）、农业经济管理（二级学科）
硕士点：农业经济管理（二级学科）
博士后流动站：农林经济管理
教学建设
截至2013年10月，中国农业科学院农业经济与发展研究所有博士生导师21人，硕士生导师28人。
2015年10月，该所博士后孙致陆获2015年中国农业科学院优秀博士后称号。
2016年5月，该所博士后王晓君主持的项目“干旱区水价政策对绿洲农业节水和农户收入的影响”获中国博士后科学基金会第59批中国博士后科学基金面上资助，资助金额8万元。
