后白河天皇

久寿二年（1155年）近卫天皇驾崩。崇德上皇想自己复位或立其皇子重仁亲王为天皇，但遭关白藤原忠通及鸟羽法皇反对，于是改立近卫天皇兄雅仁亲王（后白河天皇）。

当初鸟羽法皇对雅仁亲王的资质抱有疑问、但却有意立其英迈兼有崇高名声的守仁亲王（后为二条天皇）为天皇，但鉴于守仁亲王尚年少、兼且其父雅仁亲王仍在世，若守仁亲王越其父而即位会被影响名声。所以由雅仁亲王暂时即位，崇德上皇系皇族的皇位继承权再一次被否定，并意味二条天皇将会不久君临天下。

雅仁亲王于永寿二年（1155年）七月二十四日践祚，是为后白河天皇。

另一方面，崇德上皇和左大臣藤原赖长之间亲近，与鸟羽法皇和藤原通宪支持的后白河天皇对抗。

保元元年（1156年），鸟羽法皇死后，立即发生保元之乱。后白河天皇以武家平清盛、源义朝等击败崇德上皇突袭的军队，崇德上皇被流放到赞歧，支持他的武家源为义等被斩首。乱后后白河天皇尽力强化政权，推行保元新制和庄园整理等。

保元三年（1158年）八月十一日后白河天皇让位给守仁亲王（二条天皇）开始院政。以后的二条天皇、六条天皇、高仓天皇、安德天皇与后鸟羽天皇5代都由后白河上皇院政所操控。

平清盛因保元之乱而赢得后白河天皇的信赖，于是升任播磨守及大宰大贰。然而此后清盛与藤原信西（通宪）联手扩张其权力的企图让藤原信赖与源义朝大为不满，两人于是举兵对抗之。这就是发生于平治元年（1159年）的平治之乱。这场乱事最后由平清盛获得胜利，源义朝被其诛杀，以源义朝长子源义平为首的许多源氏族人均被处死，被捕的义朝三男源赖朝则被处以流放至伊豆国之刑罚。自此，平清盛打下了武家政权的基础。

然而，平清盛的势力扩张，让以后白河法皇（嘉应元年（1169年）出家的后白河天皇）为首的院政势力为之感到不满，也逐渐加深双方之间的对立。

治承元年（1177年）六月发生了企图推翻平家势力的鹿谷阴谋事件。结果因为多田行纲告密而被揭发并胎死腹中。平清盛并且利用这个事件开始铲除将参与院政的院近臣。于是藤原师光（西光）被处死，藤原成亲被流放到备中，并且在当地坠下悬崖离奇地死亡。僧侣俊宽则被流放到鬼界之岛。不过平清盛最终还是没有直接向法皇兴师问罪。

治承三年（1179年）这一年许多不幸连连降临在平清盛身上。先是在六月时其女平盛子去世。之后法皇未与平清盛商议就径自没收平盛子生前所有的庄园。接着在七月，被平清盛视为继承人并寄予厚望的嫡长子平重盛四十二岁即英年早逝（病死）。就在平清盛为之哀恸不已的时刻，法皇却又一次未与平清盛商量即没收了平重盛原有的知行国（领国）越前国。

震怒的平清盛终于无法忍受法皇无视自己的作法。同年十一月十四日，他亲率大军自福原（现在的神户）上京，隔天（十五日）发动所谓的治承政变。他将以藤原基房为首的反平氏亲贵，约三十九人院近臣全数罢官，并任命亲平氏的亲贵以取而代之。为平清盛此举感到畏惧的法皇也向其请求饶恕，这回平清盛没有放过法皇。十一月二十日，后白河法皇被幽禁于鸟羽殿。自此后白河院政宣告中止，由平清盛独揽大权的平氏政权接手。

平清盛随后在治承年间（1180年）二月迫使高仓天皇退位，拥立自己的外孙，平德子之子言仁亲王即位，是为安德天皇。

同年，源赖政拥护后白河法皇次子以仁王以对抗平清盛。然而平清盛立即派四男平知盛领军征讨之，最后败逃的以仁王和源赖政两人都被诛杀。

治承五年（1181年），平清盛病死。木曾义仲将平氏的势力赶出京都。寿永二年（1183年），平氏准备挟持安德天皇和后白河法皇，带着天皇的三神器，逃往西都。

后白河法皇乘机逃脱，返回京都后，立即发布追剿平氏的命令。当密令传到源赖朝，源赖朝便派遣源范赖及源义经统率5万大军征讨木曾义仲。寿永二年（1183年）八月，由后白河上皇主持，在没有天皇神器的情况下，立4岁的尊成亲王践祚，是为后鸟羽天皇。

寿永三年（1184年），讨灭木曾义仲。至此，源赖朝势力成为天下讨平家的唯一主力。

文治元年（1185年）春，源义经在坛之浦之战将平家消灭。

后来，源赖朝与源义经不和。文治五年（1189年），后白河法皇允许源赖朝率军远征陆奥羽，灭保护义经的藤原泰衡，确立全国武家政治体制。

文治六年（1190年），源赖朝上京会见后白河法皇，任朝廷权大纳言(太政官副职)、右近卫大将军等职，假以法皇名义控制各地军政大权。

建久三年（1192年）三月十三日，后白河法皇驾崩，源赖朝任征夷大将军，建立日本历史上第一个武士政权镰仓幕府，后白河法皇院政告一段落。