军机处
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清朝入关之后，议政王大臣会议权力仍然非常大。同时在内阁大臣中，南方与北方士大夫的党派之争仍然延续，党争与满洲贵族内部矛盾纠缠在一起。为了加强皇权，康熙帝于康熙十六年（1677年）设立南书房，康熙帝在翰林等官员中，“择词臣才品兼优者”入值，称“南书房行走”。入值者主要陪伴皇帝赋诗撰文，写字作画，有时还秉承皇帝的意旨起草诏令，“撰述谕旨”。由于南书房“非崇班贵檩、上所亲信者不得入”，所以它完全是由皇帝严密控制的一个核心机要机构，随时承旨出诏行令，这使南书房“权势日崇”。
南书房地位的提高，是康熙帝削弱议政王大臣会议权力，同时将外朝内阁的某些职能移归内廷，实施高度集权的重要步骤。康熙帝亲政以后，朝廷的权力一则受议政王大臣会议的限制，国家大事需经过议政王大臣会议，而这些满洲王公贵族地位较高，有时与皇帝意见发生矛盾，皇帝也不得不收回成命；二则内阁在名义上仍是国家最高政务机构，控制着外朝的权力，康熙帝为了把国家大权严密地控制在自己手中，决定以南书房为核心，逐步形成权力中心。
雍正五年（1727年），雍正帝准备对准噶尔部用兵，雍正七年（1729年）正式出兵。与此相配合，雍正帝设立军机处，协助他处理军务。军机处设有军机大臣，雍正帝从大学士、尚书、侍郎以及亲贵中指定充任，如怡亲王胤祥、大学士张廷玉、户部尚书蒋廷锡、大学士鄂尔泰等，都是以亲重大臣兼任军机大臣。还有军机章京，由内阁、翰林院、六部、理藩院等衙门官员中选充。所有这些人都是兼职，他们的升转仍在原衙门进行。因此，军机处设立之初，没有专门的官员。军机处没有正式衙署，有值班房，在隆宗门内，靠近雍正帝寝宫养心殿，以便于军机大臣被召见议事。无专官，无衙署，就使军机处成为一种特殊的机构。召见时，雍正帝指示各项事件应如何办理，有时向军机大臣询问情况，听取他们的意见，以作出裁决。军机大臣根据旨意，草拟文书。上谕形成后，不经过内阁，由军机处直接发给有关官员。
雍正朝的军机大臣，不过是传旨办事，对制定政策起的作用不大。雍正帝创立军机处，把它和奏折制度相结合，即以朱批谕旨答复臣下奏折，召见军机大臣授以政事机宜，天下庶务总归他一人处理。
雍正十三年（1735年）雍正帝驾崩，乾隆帝继位，十月，罢军机处，改设“总理事务处”。但不久又因实际需要而于乾隆二年（1737年）十一月将军机处重新恢复，并在原来的基础上进一步增大了权力。军机处重建之后，乾隆帝扩大了军机大臣人数，任命鄂尔泰、张廷玉、讷亲、海望、纳延泰、班第等六人为军机大臣，军机章京也由原来的十人扩充至十六人，满汉各半。此后，随着其权力的加大和处理事务的增多，人数相应又有所增加。在对人员编制不断充实的同时，军机处处理事务也日益增多，权力愈加扩大，各项制度也不断趋于健全。
乾隆时期，军机处扩大到“内而六部卿寺，暨九门提督，内务府太监之敬事房，外而十五省、东北奉天、吉林、黑龙江将军所属，西南至伊犁、叶尔羌将军、办事大臣所属，迄至四裔诸属国，有事无不综汇”。其职责几乎无所不包。军机处所承担的职权，已使它超出内阁之上而成为全国政事的中枢。为保证其所负担的各项职责能顺利得到贯彻，乾隆帝还为它制定了各种具体的规章制度。乾隆十四年（1749年），规定印信平时由内奏事处的夸兰达太监收存，用印时，由值班军机章京以镌有“军机处”三字的金鍉将之请出，用毕立即交还。为严格保密，军机处中的听差皆拣选十五岁以下不识字的幼童充任，而在军机处值庐，还有专派的御史往复稽查，不准任何人窥探。如有地方督抚官员通过各种方式向军机章京刺探情况，必严加处理。尽管军机处在国家政治生活中发挥着如此重要的作用，但乾隆帝却始终未设专官，未立衙署。其职权范围虽广，但不过是仅供“传述缮撰”，“而不能稍有赞画于其间”的一个皇帝私人的秘书班子而已。
军机处唯一的一次尾大不掉，是在和珅担任领班时期。和珅掌权后，身兼军机大臣和御前大臣，打破了制衡的框架，要求“凡有奏折令具副本关会军机处”。如此以来，在制度设计上，就令军机处的地位大大提高，不仅参与决策，还实际掌控了信息渠道，皇帝被操纵的风险大大增加。
嘉庆帝在翦除和珅后，立即废除此条。此外，嘉庆帝还多次刻意地挫压朝臣中尊崇军机处的风气，并否决了一位官员提出的在奏折内将军机处抬写以示尊重的建议。嘉庆帝对于军机处的一连串打压，主要是基于对和珅专权的拨乱反正，他本人对于军机处的作用并不否定。在嘉庆时期，军机处被提高到了“平章军国重事”的宰辅地位。并且在制度的多方约束下，军机处的确在成为一只有力的臂膀的同时，并不伤及政权肌体。
道光帝时期，各处发往军机处的奏折必须先经皇帝之手之后，军机大臣才能阅览。道光三十年（1850年）咸丰帝继承帝位后，奕訢被封为恭亲王。不久他又进入军机处，咸丰帝又命他在内廷行走。咸丰十一年（1861年）成立总理各国事务衙门后，军机处之决策权渐移。
咸丰十一年（1861年）辛酉政变后，奕訢被授予议政王，在军机处担任领班大臣，军机处的权力大大提升。同时，自此直到裁撤军机处，由亲王担任领班军机大臣便成为惯例。所以慈禧太后与奕訢之间在权力上的矛盾、斗争日渐显露出来。随着太平天国的失败，清廷政局逐渐稳定下来，慈禧太后的统治地位也日趋巩固，于是就处心积虑地要削弱奕訢的权力。同治四年（1865年），她以奕訢“目无君上”、“暗使离间”等罪名，下诏革除其一切差事。后出于政治需要，采取先打后拉的手法，仍令奕訢管理总理衙门，接着又恢复他的领班军机大臣职务，但取消了议政王的称号。从此，慈禧太后大权独揽，军机处和军机大臣的权力被削弱。
光绪十年（1884年），中法战争失利，奕訢受到“言路交章论劾”。慈禧太后乘机将奕訢等军机大臣全体罢黜，把他及其势力从军机处和总理衙门全部清洗出去。更换了醇亲王奕譞、礼亲王世铎、庆亲王奕劻等管理军机处，史称“甲申易枢”。奕劻、奕譞、世铎的行政能力远不如奕訢，但是对慈禧太后惟命是从。所以，“甲申易枢”后，慈禧太后的权势进一步扩大，军机处也变为慈禧太后统治的工具。
宣统二年（1910年）九月，各省代表在资政院会议上提出要求颁布宪法、组织内阁、开设议院等要求，而且奉天的代表要求第二年就召开国会，并认为军机大臣责任不明，要求设立责任内阁。
宣统三年（1911年）五月八日，清政府在立宪派国会请愿运动的压力下，实行所谓“责任内阁制”。下令裁撤旧设内阁及军机处，成立由十三名国务大臣组成的新内阁，自此实行了180余年的军机处被废除。
军机处初设时，所掌仅限军务。《清史稿·军机大臣年表序》说：“初只承庙谟商戎略而已。”但以后事权逐渐扩大，军国大计，罔不总揽。自雍、乾后百八十年，威命所寄，不於内阁而於军机处。其具体职掌有如下几方面：
一、负责皇帝下达谕旨的撰拟和参预官员上报之奏折文书的处理。官员上报的文书，凡折奏“请旨”者归军机处，照例的题本归内阁，直到清末未变。雍正帝每天召见军机大臣，有时一天召见数次，像在西北用兵紧张之时，张廷玉“内直自朝至暮”，“间有待至一二鼓”。
二、办理皇帝交议的大政，凡遇重要政事，皇帝不能裁决的，或交军机处议奏，或密议，或交军机处会同关系衙门议奏。如大学士史贻直未入军机处，然在统一新疆战争中，乾隆每每与其商议，史载“公（史贻直）在政府，时从容承召对，移晷乃出，而公谨慎周详，虽子弟不得与闻。”特交的，由军机处查议其可否，密拟办法上奏；会同议奏的，或由军机处主稿，或由所会衙门主稿，临时酌定。
三、某些重大案件，皇帝特交军机大臣审理拟定，或由军机大臣会同三法司审拟。军机大臣可在军机处提讯，也可使用刑讯。应刑讯时，选用内务府公所或于步军统领衙门进行。凡秋审案件，军机大臣也参预。
四、重要文武官员之任免及各部尚书、侍郎、各省总督、巡抚、以至道、府、学政、关差、盐政以及驻防将军、都统、驻各边疆地区之领队大臣、办事大臣等官员的补放，均由军机大臣负责开列应补人员名单，交皇帝选择任用。遇科考，也由军机大臣开列主考、总裁名单，奏请皇帝选用。复试或殿试，军机大臣负责核对试卷、检查笔迹或任命阅卷官。
五、考查行军之山川、道里与兵马钱粮：凡有行军，军机处根据有关图书，考查山川险要，道里远近，如系边远地区，图书中没有记载的，要考查新旧档案并加谘访。应用的兵马、钱粮，则由户部、兵部、理藩院等衙门取简明确数备查。遇有皇帝查讯的问题，即时呈递。
六、军机大臣可奉皇帝旨意，以“钦差”身分，往各地检查或处理一些政事。如嘉庆十八年（1813年），钦差大臣、直隶总督那彦成镇压河南天理教起义有功，嘉庆帝大加称赞，加太子少保衔，赏三等子爵。
军机处与内阁不同，它以行政简化为宗旨，满文文书由满人军机章京，汉文由汉人军机章京来处理。因此，军机处的房屋分为满屋、汉屋，分别处理日常的实际业务。
满（汉）屋为其内部俗称，其对外行文时称满（汉）军机处，由满、汉章京分别任事。其职掌除分办满汉文之谕旨和奏折外，满屋掌在京旗营及各省驻防和西北两路军营官员的补放事务，负责内蒙古、外蒙古、藩部及喇嘛等朝贡时拟赏单，并掌管军机处本身的事务性工作。
汉屋办理在京部院及各省文职官员、绿营武职官员的补放进单，王公内外大臣赏单及拟给外国朝贡使臣赏单，办理皇帝交下的应查、应办的事务以及负责军机处的对外联系、管理档案等工作。
军机大臣正式称谓是“军机处大臣上行走”，俗称“大军机”。军机大臣随着时间的推移职权不断扩大，成为清朝中枢权力机构的主要成员。军机大臣分设满、汉员，由满汉大学士、各部尚书、侍郎、总督等官员奉特旨充当，均为兼差。其数无定额，任期无限止。凡经皇帝选调到军机处任职的军机大臣，称“入值”。由皇帝指派满、汉各一员为首领，称为“揆首”、“领袖”。初期，凡应皇帝召见议商政务、承皇帝旨意起草谕旨以及寄给各官员之谕旨的署名等，均为领班军机大臣专责。乾隆时，傅恒任领班，经皇帝批准改为军机大臣共同面君承旨，发出之寄信谕旨，亦改用军机处名义。初入值军机处者，因资历或能力尚浅，则命在“军机大臣上学习行走”。加“学习”二字，意示见习，其地位低于一般。一二年后，再由领班的军机大臣奏请去其“学习”二字。各军机大臣之间，因资格、品位之高低而有差别，除视秩排班外，权力亦有不同。如﹕有的满洲军机大臣只准阅办满文奏报；新任之军机大臣不准阅办皇帝朱批过的奏报。这些等级差别，均不见有“则例”、“章制”，而是由皇帝亲定。
军机大臣的职掌可综合为六个方面：负责皇帝下达谕旨的撰拟和参与官员上报之奏报文书的处理；凡国家之施政方略、军事谋略以及官员的重要陈奏意见，或对官员的惩处、弹劾事件等等，皇帝批交军机大臣议，或会同各有关衙门议，并着提出处理意见，奏报皇帝裁夺；某些重大案件，皇帝专交军机大臣审理定拟，或会同三法司审拟；文武官员上至大学士、各部尚书，各省总督、巡抚，以至道府、学政、关差，以及驻防将军、都统，驻各边疆地区的参赞、领队、办事大臣等的补放，均由军机大臣开列应补人员名单，呈皇帝择用。遇科考，亦由军机大臣开列主考、总裁官名单及考试题目，请皇帝选用。复试、殿试，军机大臣负责核对试卷、检查笔迹或任阅卷官；军机大臣常侍皇帝左右，以备顾问；军机大臣可奉皇帝之命，以“钦差”的身分，往各地检查或处理政务，稽查各省、各部院之汇奏事件。此外，军机大臣还兼任方略馆的总裁，内书房管理大臣及总理各国事务衙门大臣。
军机大臣每日皆须召见，时在寅卯之间（即午前五六时之际），至迟辰初毕事（即八点钟），因军机大臣“见起”后，各有本衙门应理之事务也。大约封奏直达皇帝，於“见起”前发下，交军机大臣阁看拟旨，称为“早事”。其须见面请旨定夺者，每日不过数件，称为“见面折”，以纸面请示者，称为“奏片”；其体裁为“恭查某事应如何办理，是否有当，伏候训示”。所拟办法是两种者，称为“双请”。军机大臣奉谕传与某人者，称为“称旨”或“述旨”。皇帝吩示后，称为“承旨”。再拟旨进呈，由内奏事处交下，称为“事下”或“递本”。传散，然后散。每值事务殷繁，军机大臣有召见数次者，早间称为“早面”，晚间称为“晚面”。所拟旨意，分为“明发上谕”及“字寄”两种。“宁寄”即寄信，或称为“廷寄”。“明发”交由内阁发表，“字寄”则由军机大臣钤印后，分寄各省。乾隆时只由领班军机大臣一人出名寄出，后始改为军机大臣不著姓名。其交在京各部署者，则称为“交片”。字寄用军机处信封，上书军机大臣字寄某官开拆，或传谕某官开拆，皆由四百里或六百里文书寄出。光绪十年左右，电报初通至天津时，多由军机处用三百里文书交电报局转发。以后由电报发出者，称为“电寄”。此为军机大臣每日应办之事，拟旨多出章京之手，亦有军机亲拟者，多属极重要事件。至其权力之大，在完全操用人之权，大学士、六部、九卿、督抚、将军、提统、都镇、学差、主考、驻外使臣简认时，皆由军机大臣开单请旨。
在军机处寄名之提镇、道府、州县，由军机大臣开单，更不必论。换言之，即文武大小各官之特旨简放者，皆由军机大臣一手操纵。此外照例由军机大臣专任之事有五项：（一）颁赏蒙古王公之事，（二）永远加恩之事，（三）新正加恩之事，（四）汇缴各部署年终各省所缴朱批上谕之事，（五）秋审呈进黄册之事。此外由军机大臣照例兼任者，则为方略馆总裁。间有大狱，亦派军机大臣会同刑部审问。军机大臣皆随同前往，故西苑军机处值庐在西苑门之北，圆明园、熙和园均有值庐，与隆宗门之值庐，同称为“军机堂”。此外，考试命题，与夫临时典礼，多由军机大臣拟定。
军机章京，俗称“小军机”，亦称“司员”。初期，军机章京无一定额数，由军机大臣在内阁中书等官中选调。乾隆时改由内阁、六部、理藩院等衙门取用。嘉庆四年（1799年）始，定军机章京分满、汉各两班，每班八人，共三十二人。各班设领班、帮领班章京各一员，由军机大臣于章京中择资深望重者任之。其后增设额外章京一二员，至光绪三十二年（1906年）确定汉军机章京额数为二十人。
军机章京亦为兼差，选用者必须为进士、举人、拔贡出身，年纪轻，办事练达，撰拟迅速，书写端正。其原职缺升至通政司副使、大理寺少卿官及三品，即调归本任。军机处选补章京，由各衙门开具履历保送，军机大臣亲加考试，合格者即带领引见，录用与否由皇帝决定。录取后，依次列名存记，俟缺出按单调取。军机章京向例不参加京察，其奖叙升转由军机大臣酌情保奏。光绪三十二年（1906年）十二月初十，奏定变通军机章京升补章程，定军机章京为实缺，其领班章京秩视三品，帮领班章京秩视四品，以下各章京俱按原品实授；并规定三年递升的升补办法。军机章京负责军机处的日常工作，如处理文书、记注档册、撰拟文稿等。值宿之章京，夜间遇有紧要事件，亦有单独被皇帝召见承旨撰书谕旨者；还可参与军机大臣所承办案件的审理等。
军机章京之职务，一为议旨呈由军机大臣改定；二为每日折奏交内阁后，由章京钞录折底归档，三年缮修一次，保举最优；三为修方略时，兼充纂修。每日轮二人值班，惟领班不值。凡值班资格较深者，称为“老班公”，其次称为“小班公”。老班公掌谕折，小班公掌档案及金钥，所谓“随手档”者，即按日分地分时，摘录事由，汇记收发谕折，俾经过之事，一目了然。元旦日无事，则书“太平无事”四字於其日之下；有事，则书“太平有象”四字；万寿日，书“万寿无疆”四字，亦故事也。此外，军机章京例派四人轮值总理各国事务衙门，因同光时外交关系重要，军机大臣多兼总理大臣，欲使军机处与总理衙门发生连锁关系，故不得不以章京承值，每次派大员赴外省查案时，亦有调章京为随员者。乾隆时，温福、傅恒出征大小金川及缅甸，皆曾请派章京随行。章京出军机以后，各省督抚以其熟悉政情，往往延为上宾，如乾隆时史学家赵翼之人李侍尧幕，即其最著者也。故论军机处权能，章京位分虽低，隐握实权，势耀煊赫，仅稍次於军机大臣而已。
军机处办公的地方不称衙署，仅称“值房”。军机大臣的值房称为“军机堂”，初仅板屋数间，后来才改建瓦屋。军机章京的值房，最初仅屋一间半、后来才有屋五间。军机处也无专官，军机大臣、军机章京都是以原官兼职，皇帝可以随时令其离开军机处，回本衙门。
军机大臣既无品级，也无俸禄。军机大臣之任命，并无制度上的规定可供遵循，完全出于皇帝的自由意志。军机大臣的职务也没有制度上的规定，一切都是皇帝临时交办的，所以军机大臣只是承旨办事而已。“只供传述缮撰，而不能稍有赞画于其间”，这些都说明军机处是皇帝中央集权的最好的工具。
军机处的办事效率很高。根据内阁制度，下属官员有事题奏，或皇帝颁发诏旨，都是经过层层机构，辗转交送，常常要花费很多时间。军机处则不然，一切均由大臣和章京通同办理，皇帝有谕，随时奉诏承办，而且必须当日事当日毕。在通常情况下，军机大臣每日早5点左右进宫应召觐见皇帝，有时一天召见数次，主要是承受谕旨，然后回堂拟写。起先由大臣亲自主稿，后来才改由章京起草，大臣拟定。经皇帝认可后，按照谕旨的性质分“明发上谕”和“廷寄上谕”两种形式向下传达。明发上谕指交内阁发抄，宣示天下。廷寄上谕因奏请而降旨，事属机密，由军机大臣直接密寄具奏人。廷寄需封入信函，交兵部加封，发驿驰递，根据事情的缓急，或马上飞递，即日行300里，或400里，或500里，或600里加急，一律由军机章京在封函上注明。封口及年月日处，加盖“办理军机处”银印。如遇特别机密紧要的密谕件，则由军机大臣自行缮写封固，上写“军机大臣密寄”。这一套廷寄制度，减少了很多中间环节，大大加快了办事速度。
军机处在清代初设阶段，由于无保密制度。时有部院官以启事画稿为名，侦探消息传播街市，目为新闻。造成清廷许多军国要事的严重泄密，其后果是可想而知的。这严酷的教训，使清代军机处不得不对保密规制进行强行规定。据清吴振棫《养吉斋丛录》载：军机处自清朝嘉庆以后其保密规制始严，规定凡军机大臣只准在军机处输谕旨，部院稿案不准在军机处输，司员不准至军机处启事，军机章京办事处（章京系专职办事官员）不许闲人窥视，王以下及文武大臣不准至军机处与军机大臣谈论。至于通谕王公大臣之事，在乾清门阶下传述，不许在军机处传述。并命科道官一人轮日至隆宗门内纠察。与此同时，军机处所收到的各类奏折和皇帝朱批的谕旨，都有一整套严格的保密管理规定，每日奏折，于寅卯二时发下，由军机章京分送各军机大臣互阅。凡皇帝在奏折上批有“另有旨”、“即有旨”的奏折，由军机处章京贮于专门的保密奏折，由军机处章京贮于专门的保密黄匣中，交军机大臣捧入请旨，然后由军机大臣根据皇帝的旨意，命军机章京起草谕旨，经皇帝石朱笔改定后，交各部院速议速办。为防止文件在传递过程中的失密，由军机处将文件密封后交兵部捷报处递往。
在文件的封袋上，分别规定右书“办理军机处封”，左书“某处某官开拆”，至于皇帝亲笔改定的谕旨，在封袋上，则居中大书“传谕某处某官开拆”，其封口及书年月日处皆钤印。除此之外，皆使领者（领取文件者）注明画押于簿中，谓之“交友”。这可谓保密责任到人了。
清军机处还实行了严格的归档保密规定，值日章京。凡所奉谕旨，所递片单，均钞钉成册，按日递添，月一换，谓之“清档”。凡发交之折片，由内阁等处交还及汇存本处者，每日为一束，每半月为一包。均责成章京检覆无讹，按季清档，月折及各种存贮要件，收入柜中，值日者亲手题封，谓之“封柜”。清军机处还设有专门的档案房，有专职的保密人员管理这些档案，由此而使军机处的保密工作做得非常之好，同时，为后代留下了许多难得的珍贵史料。
军机处总揽机要，还有向皇帝推荐官吏的权力，权限凌驾于内阁和六部之上。各地的奏章由军机处票签后呈请皇帝批示。皇帝的谕旨，凡属机要，都由军机处草拟，称为“密谕”，经由军机处通过兵部送达地方的督抚，称为“廷寄”，内阁无从过问。至于“文武官特简”以及西北两路军兵换防也要由军机大臣“进其名单”呈请钦定。军机处还立有“存记簿”，相当于机要档案，“凡有旨存记者，皆书于册而藏之”，“应密存事件，则密封存记”。军机处奉命经办一切重大军政事务，成为国家的政治中枢。军机大臣无专职，亦无定员。军机处不设官署，除了奉命办事之外，自己不能作出任何决定，也无权对外发出任何指示，即“只供传述缮撰，而不能稍有赞画于其间。”。其官员互不统属，皆直隶于皇帝，军机大臣的罢置也听命于皇帝，一切大权都集中在皇帝手里。它的设立是清代统治者在中央行政制度方面的重大变革。皇帝通过军机处，完全控制了全国的军政大权，实现了“乾纲独揽”的绝对君权。
军机处成立后，议政王大臣会议于乾隆五十六年（1791年）被废止，内阁变成只是办理例行事务的机构，一切机密大政均归于军机处办理。军机处总揽军、政大权二端，真正成为执政的最高国家机关。军机大臣无日不被召见，无日不承命办事，出没于宫廷之间。皇帝行动所到的地方，军机大臣也无不随从在侧。但军机处完全置于皇帝的直接掌握之下，等于皇帝的私人秘书处。军机处在权力上是执政的最高国家机关，而在形式上始终处于临时机构的地位。
雍正年间，自军机处设立后，内阁地位虽高，但无实权，军政大权均由军机处掌握。皇帝的各项重要机密指示，均由军机大臣起草发出，一般性的中枢文件才通过内阁颁发出去。
军机处的设置，取代了议政王参与议政的权力和内阁的“票拟批答”的职权，建立“廷寄”制度。此后，皇帝通过军机处将机密谕旨直接寄给地方督抚，称为“廷寄”；各地督抚也将重大问题直送军机处转皇帝审批，称为“奏折”，不再像过去经过内阁奏报批答，也无需交议政王大臣会议议决。可见，军机处的创设，大大削弱了内阁之权，使之成为一个徒有虚衔，却不得干预机务的经办例行公事的机关。随着许多机密大事、军国要务都由军机处办理，“内阁宰辅，名存而已”。
明朝内阁最初和清朝的军机处类似，是辅佐永乐皇帝处理政务的机构，是一个纯粹的秘书机构。但是随着后来的皇帝的精力和能力下降，内阁逐渐有了一定的决策权，可以决定国家政务的，明朝的内阁首辅在某种程度上是行使相权的，比如著名的张居正。而清朝的军机处则纯粹是一个秘书机构，军机大臣只是提出建议，执行皇帝的决策，决策权都在皇帝。但是制度是一方面，关键在于清朝皇帝独裁，军机处始终是皇帝的秘书机构。而明朝内阁逐渐摆脱了纯粹的秘书机构，拥有了一定的行政权力，如果明朝皇帝都像朱元璋和朱棣那么勤政，内阁的权力就小多了。
明代的内阁大学士以六部尚书和曾任经筵讲官的来兼任，他们的地位不算高。但内阁还算是国家的正式官署，成员是有品级的国家官员，其任免是有规章制度的。军机处最初在编制上只是一个临时机构，而非一个正式机构，其成员无品级，组成完全由皇帝任意安排。内阁大学士，还可以勉强称为国家大臣，而军机大臣则只算是皇帝的私人秘书。随着后来的发展，成为事实上的正式机构。
明代还是在制度之下由皇帝来当宰相，宰相的职权由皇帝所兼。只是宰相做错了，须负责。皇帝做错了，可以不负责。除这一区别以外，明代制度还是和过去大体相似的。清代就更超越了这一限度。唐宋诸代的诏敕，宰相一定要盖章，没有宰相的章，就不成为诏书。清代行政反而成了私下的秘密，自然比尚有制度可循的内阁制又大大进了一步。
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