明故宫
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元至正二十六年（1366年），南京故宫开始建造，地址在元朝集庆城外东北郊（即南京市中心东部），初称“吴王新宫”，后又称"皇城"。 由于当时朱元璋尚未称帝，故新宫建筑规模有限，只有中路的外朝和内廷建筑，东西两侧空地均未兴建宫室。 新宫东西宽790米，南北长750米，有门四座，南为午门，东为东华门，西为西华门，北为玄武门。 入午门为奉天门，内为正殿奉天殿，殿前左右为文楼，武楼。 后为华盖殿，谨身殿。 内廷有乾清宫和坤宁宫，以及东西六宫。
明洪武元年（1368年），朱元璋即位称帝，以应天府为南京，开封为北京，并于次年在凤阳兴建中都城。 由于人力物力全被集中于中都城池和宫殿的兴建，因此南京宫殿的扩建工作再度终止。 此后数年间只对已有宫殿进行了必要的维修。
明洪武八年（1375年）朱元璋放弃营建中都的计划，集中力量修建南京。 此次修建，增设午门左右两阙，在奉天门左右增加东西角门，并增建文华殿，武英殿等建筑。洪武二十五年（1392年），再次增建，在皇城外增设宫墙，以新墙之内为皇城，原皇城改称宫城。 在宫城前建造了端门，承天门，金水桥，形成"T"字型广场，向南直抵1373年建造的洪武门。广场东侧为五部（刑部在皇城之北的太平门外），西侧为五军都督府。
南京故宫修建时注意了风水的问题，以紫金山的富贵山为靠山，但是由于选址的局限，内廷部分是在被填平的燕雀湖上建造的，虽然采用了打入木桩，巨石铺底，以及石灰三合土打夯等方法加固地基，但日久之后仍然出现地基下沉的问题，宫内容易形成内涝，排水不易。同时宫城离外城过近，战时不易防卫。
明太祖朱元璋因太子朱标早死，皇太孙朱允炆继位，年号建文，是为建文帝。建文帝与亲信大臣采取削藩措施，在北平周围及城内部署兵力，又以防边为名，把明太祖第四子燕王朱棣的护卫精兵调出塞外戍守，准备削除燕王。明建文帝以为准备停当了，便秘密下令擒拿朱棣，但未成功，坐镇北平的朱棣于1399年（明建文元年），起兵反抗，随后挥师南下，史称“靖难之役”。经四年战争，明建文四年（1402年），燕王朱棣攻破京师，结果“都城陷，宫中火起”，烧毁了奉天殿等宫殿，战乱中建文帝下落不明，或说于宫中自焚死，或说由地道逃去，隐藏于云、贵一带为僧。
明建文四年（1402年），朱棣在南京即皇帝位，仍居于南京故宫中，但同时下令以北平（今北京）为行在，准备迁都。
明永乐四年(1406年)，朱棣正式下令在北京元大内宫殿遗址上营建北京宫殿，据《明太宗实录》记载：“（北京故宫）凡庙社、郊祀、坛场、宫殿、门阙，规制悉如南京明故宫 ，而高敞壮丽过之。”
明永乐十八年（1420年），北京故宫基本竣工，九月初四，成祖定都北京，并遣户部尚书夏原吉往召皇太子及太孙，限期十二月底到北京。二十二日，又下诏：自下一年正月，改京师为南京，北京为京师，设六部，云行在之称。并取南京各印信给京师诸衙门，另铸南京诸衙门印信，全加“南京”二字。十一月初四，以迁都北京诏告天下。永乐十九年（1421年）正月初一正式迁都北京，十一日大祀南效，十五日赦。此后南京故宫不再作为皇宫使用，但仍作为留都宫殿，委派皇族和内臣管理。
明洪熙元年（1425年），朱棣长子、明仁宗朱高炽继位后欲迁都回南京。《明史·仁宗》就载：朱高炽“洪熙元年三月戊戌，将迁都南京，诏北京诸司悉称行在……四月壬子，命皇太子（即朱瞻基）谒孝陵，遂居守南京。”南京再次成为明朝名义上的京师。朱高炽还下令重新修葺南京皇城，可是到了5月份以后，却因突发疾病而死。其遗诏道：“南北供亿之劳，军民俱困。四方仰咸南京，斯也吾之素心。”从中可见其所念念不忘的迁都南京之情。但这时候南京的皇宫整修工程仍在进行，至次年底才基本完成。此后数百年间，南京故宫鲜有修葺，风吹雨打，自然损坏严重。
明正统十四年（1449年），夏六月天降雷雨，谨身、华盖等殿被雷电击中起火。
明成化二十一年（1485年），五月，“南京大风拔太庙树，摧大祀殿及皇城各门兽吻”。
明嘉靖元年（1522年），“秋七月，暴风雨，江溢，郊社陵寝宫阙城垣皆坏”。
明万历二十八年（1600年），传教士利玛窦在访问北京之后，将北京和南京作了一番比较：此一城市之规模，其房舍之布置计划，其公共建筑物之结构，以及其防御工事等，均远逊于南京。南京明故宫及城市规模可以想见。
明崇祯十七年（1644年），李自成率农民起义军攻陷北京，明思宗朱由检殉国后，其弟朱由崧同年五月初一，骑马自三山门环城向东，拜谒孝陵和懿文太子陵，随后经朝阳门入东华门，谒奉先殿，出西华门，以南京内守备府为行宫。五月初二朱由崧根据明代宗即位的故事监国。五月初三庚寅自大明门入大内，至武英殿行监国礼。五月十五日，朱由崧即皇帝位于南京紫禁城武英殿，以次年为弘光元年。其国号依旧为“明”，史称“南明”改元“弘光”，建立弘光政权。然而此时的明故宫内大多殿宇已经坍毁无存，南京太庙也早已被焚毁，朱由崧进行了一些修复工作，兴建奉天门，慈禧殿等建筑。
清军入关灭南明后，改南京为江宁，为两江总督署所在，将明故宫改为八旗驻防城，设置将军及都统二衙门于明故宫中，还从太平门至通济门加筑城墙予以隔离，使明故宫建筑遭到很大破坏。
清康熙二十三年（1684年），玄烨首次南巡，到达江宁，见到残破不堪的“明时故宫”大为感慨，作《过金陵论》一文写道：“道出故宫，荆榛满目，昔者凤阙之巍峨，今则颓垣残壁矣！……顷过其城市，闾阎巷陌未改旧观，而宫阙无一存者，睹此兴怀，能不有吴宫花草、晋代衣冠之叹耶！”可见此时的明故宫已经相当荒凉。
清康熙三十八年(1699年)，玄烨赐普陀山“法雨禅寺”额，并下发“拆金陵旧殿以赐”令，拆除南京故宫琉璃瓦12万张，仿金陵明故宫九龙殿盖成。殿分7间，高22米，面阔35.35米，进深20.31米，面积近1000平方米。据《普陀山志》记载，九龙殿确系为南京故宫移建于此，如今的九龙殿琉璃瓦、雕龙柱磉和九龙藻井均为南京故宫之物。
清咸丰三年（1853年）3月29日，太平天国定都南京，改名天京，但没有使用明故宫作为宫殿基址，而是在城中另择新址营建新宫，此间拆取明故宫大量石料和砖瓦。至太平天国灭亡时，明故宫的宫殿和宫墙已基本无存。
清同治三年（1864年）7月19日，天京失守，随后湘军攻破天京后，太平军放火烧城，湘军在大肆抢劫后也到处纵火，南京明故宫再次遭到破坏。
清咸丰、同治年间，由于太平军与清军的作战运动，明故宫又经受一次较大的破坏，除地下埋藏的石构件基础外，几乎只剩下一片残垣碎瓦、蛇鼠出没的废墟。1881年至1884年间，左宗棠在南京明故宫内五龙桥的北面方孝孺殉节处建方孝孺祠纪念。
清宣统三年（1911年），英国人法雷斯从明故宫遗址中拆走七块石刻和三对石狮，运往下关扬子饭店进行装饰。
民国十三年（1924年），因建造明故宫机场，南京午门（午朝门）双阙遭到拆除，仅保留下一座三孔门洞，之前午门之上的五凤楼也早已毁圮。
民国时期，南京国民政府曾计划以明故宫地区为中央行政区，后由于财力和战争的原因，该计划没有全部实现，只是在明故宫遗址范围内修建中国国民党中央监察委员会（现为南京军区档案馆）和中国国民党中央党史史料陈列馆（现为中国第二历史档案馆）。
民国十八年（1929年），国民政府为迎接孙中山先生灵榇奉安钟山，归葬中山陵，修建迎榇大道，开工时命名中山路，亦称中山大道，中山东路横跨奉天殿广场，把遗址分为南北两部分，此时的明故宫遗址仅存午门与地下柱础等少量的遗迹。至民国后期，明故宫已成为一处小型机场。
民国二十一年（1932年），原国民党主席林森，对明故宫和明孝陵的建筑遗址钟爱有佳，他在修建自己的别墅“桂林石屋”时，从明故宫遗址上“调用”一批精美石雕装饰在石屋前，抗日战争时期石屋被日军炸毁，尚存半壁框架，以及部分明故宫建筑遗构。
1949年4月23日，南京解放后刘伯承、陈毅等同志即邀请有关专家、学者座谈，征求保护意见。与会者一致认为这是中国历史上重要的明朝皇宫遗址，应该予以保护，因此决定将约350个石柱础就地深埋，埋入路北侧中轴线及其两侧；将中山东路北侧约60万平方米的地辟为南京军区教练场进行保护；并将当年被英国人法雷斯劫至下关扬子饭店的石雕运回遗址重加修整。
1956年10月，明故宫遗址被公布为江苏省文物保护单位。
20世纪90年代，南京军区教练场迁出明故宫遗址，仅恢复南北中轴线部分。
1991年，南京明故宫遗址公园正式建成并对外开放，除柱础为原物、三大殿排列顺序是对的，但故宫三大殿的柱础被移动过，建筑台基是重做的，还是个微缩版，真实性有所破坏。
1997年5月，为配合江苏大剧院工程选址，南京博物院在明故宫遗址公园北部进行局部发掘，发现明故宫三大殿中谨身殿的建筑台基。
2000年，原选址于明故宫遗址地区的江苏大剧院改址另建。
2006年，明故宫遗址正式升级为全国重点文物保护单位。同年南京午门防渗维修完成，以确保排险成功。
2010年7月，在御道街施工时意外上发现南京故宫端门遗址，处于南北方向，在城墙的北侧，有一道东西走向的明代城墙的排水沟。
2011年，南京市政府规划论证新的保护利用明故宫遗址的方案，并打造成国家级遗址公园。
2012年7月，在南京明故宫遗址公园概念性规划设计方案国际竞赛中，《南京明故宫遗址保护总体规划（2012～2032）》，东南大学规划方案胜出。
2012年11月，南京明代都城遗址作为中国海上丝绸之路项目遗产点之一，列入中国世界文化遗产预备名单，根据日程，2015年完成准备工作，2016年正式送交世遗大会审议。
2015年2月初，国家文物局官方网站公布《关于明故宫遗址核心区环境整治及重点遗迹标识展示工程立项的批复》，文件中写明：“原则同意明故宫遗址御道街景观标识、午门广场环境整治、中山东路道路铺装改造、三大殿台基遗迹标识展示等工程立项。”
南京故宫在选址上顺应自然，权衡各种利弊作出最佳选择宫城卜地于城东钟山之阳，北倚钟山的“龙头”富贵山，并以之作为镇山，放弃了对平坦的中心地带——原六朝及南唐宫殿旧址的利用，而采用填湖造宫的办法。究其原因，不外是“（旧内）因元南台为宫，稍庳隘”，不符合新王朝的要求，且旧城居民密集，又有诸多功臣府第，大量拆迁有关人心向背；加之南京属丘陵地带，平地难寻，而因地就势依山而建，能创造出气象宏伟的效果。这种选址，在金陵有历史先例可循，六朝宫城便是选择在鸡笼山、覆舟山下的一片高河漫滩上，东濒青溪，西达五台，鸡笼山和覆舟山就旬天然屏风拱卫于宫城之后。明代南京宫城以富贵山作为依托，并巧用原来的东渠作为皇城西城隍，将午门以北的内五龙桥、承天门以南的外五龙桥和宫城城濠与南京城水系相互连通，取得人工和自然相互辉映的效果。而宫城偏于城之东，则可减缓居中布局常带来的交通阻塞问题。因此南京宫殿选址是综合考虑地形地貌和社会心理因素而进行决策的结果。
在宫殿形制上，朱元璋力图恢复汉族文化传统的政治主张，集中表现为遵循礼制。即建筑形式的内容极力寻找礼制的依据：例如采用三朝五门，即《礼记》郑玄注所称，周天子及诸侯皆有三朝：外朝一，内朝二；天子有五门：外曰皋门，二曰雉门，三曰库门，四曰应门，五曰路门。但实际上，自战国以后，都城宫室制度中，循此制者无几，直到唐长安始有其意。这就是唐西内有五门（承天门、太极门、朱明门、两仪门、甘露门）和三朝（外朝奉天门、中朝太极殿、内朝两仪殿）。元失此制，明南京宫殿则又用此制，其五门为：洪武门、承天门、端门、午门、奉天门，三殿为：奉天殿、华盖殿、谨身殿。至于后妃六宫，按周礼，“天子后立六宫，……御妻以听天下之内治以明章妇顺。……夫人虽不分六宫，变分主六宫之事，或二宫则一人也。”南京宫殿在历史上两次建立后妃六宫以交序列的形制，以趋合礼制的要求。关于门阙，《礼记》有“以高为贵”的规定。早在秦汉时期，高台建阙（观）就作为一种礼仪性的设置，标表入口以壮观瞻。唐代宫殿门阙已作冂形平面，并直接影响到五代洛阳五凤楼、宋东京宣德门。南京宫殿午门采用冂形高大门阙便是吸收这种传统建筑形式建成的。通过门阙的体量和所组成的空间，体现皇帝所需的崇高与威严。
此外，朱元璋还刻意借“天道”来加强礼制在宫殿建筑上的作用。所谓“礼者天地之序也”。“故人者，其天地之德，阴阳之交，鬼神之会，五行之秀气也。帮天秉阳，垂曰星，也秉阴，穷于山川。播五行于四时和而后月生也。……故圣人作则必以天地为本，以阴阳为端，以四时为柄，以曰星为纪，以月为量”。讲究天人感应和礼制秩序的朱元璋，在南京宫殿中极力利用这些原则来强化皇帝至高无上的地位和礼制的权威。如在正殿之后建立乾清、坤宁二宫，象征帝后犹如天地；在乾清宫之左右立“日精门”、“月华门”，象征日月陪衬于帝后之左右；在东安门外者曰青龙桥，在西华门外者曰白虎桥，取自星宿二十八宿，以象征天津之横贯。在建筑的称谓上也采用一些拟天的象征手法，如前朝正殿名为“奉天”，意为奉天命而统治天下，明人的解释是“明人主不敢以一人肆于民上，无往非奉天也”，以此强调新王朝的合法性与权威性。“华盖”本是星名，古称天皇大帝座上的九星叫“华盖”，象征明太祖统一天下是应帝星之瑞。“谨身”是说皇帝加强自身修养。
南京故宫开创了明清两代宫殿自南而北中轴线与全城轴线重合的模式。南京宫殿和衙署都沿着这条轴线结合在一起。从《洪武京城图志》载京城图中可见，以南端外城的正阳门为起点，经洪武门至皇城的承天门，为一条宽广的御道，御道两边为千步廊，御道的东面分布着吏部、户部、礼部、兵部和工部等中央行政机构（只有刑部在皇城以北太平门外），西面则是最高的军事机构——“五军都督府”的所在地。御道心头承天门前是长安左、右门形成的东西横街——长安街（广场）和外五龙桥，向北引延，经端门、午门、内五胧桥至奉天门，进入宫城。经三大殿两大宫抵宫城北门玄武门，至皇城北门北安门出皇城，正对钟山“龙头”富贵山，而以者城的太平门为结束。这种宫、城轴线合一的模式，既为南京特殊的地理条件使然，亦很突出地表达出封建集权统治唯我独尊的精神。成为后来明成祖朱棣迁都北京时改建北京城和设计宫城的蓝本。
洪武年间，明朝还处于经济恢复时期，对于都城建设朱元璋多次强调节俭
朴实的方针，洪武八年改建南京宫殿时曾对廷臣说：“但求安固，不事华饰……使吾后世子孙守以为法。至于台榭苑囿朋役，也证实了此话不虚。明初建筑风格也较为朴质，注重实用。臣下及地方建筑受制度约束甚严，无敢轻慢逾制者。南京宫殿是隆崇封建集权统治和严格的礼制秩序的典范。又是结合自然、顺应地势布置城、宫的杰出例子。但它的选址也存缺陷，如当时填湖建宫，虽然在工程做法上为避免地基下沉，采取了在基础下铺垫巨石和打桩以及用石灰、三合土分层夯实等方法，但到洪武末年已显出宫城南高北低宫中积涝不易排除的问题。又如由于这城距外城太近，战时易受城外敌军威胁。所以后来太平天国攻占南京后，就没有用明宫殿来做天王府。
1421年朱棣迁都北京，改南京为留都，宫城仍存旧制，并委派皇族、内臣驻守。崇祯十七年（1644年），福王朱由崧一度在这里即位，历史上称南明王朝。
午门作为宫城南大门（正门），中门只走帝后銮驾，左右侧门也只有公、侯、驸马、文官三品和武官四品以上的官员才准许出入，其他品级只能走两阙门入，两掖门出。午门除了是官员出入之门外，还是传达圣旨及朝廷告书的地方，也是皇帝处罚大臣“廷杖”之地。
南京故宫午门在营建之初并无双阙，明洪武八年（1375年）因朱元璋下诏放弃营建明中都，集中力量修建南京都城，增设两阙（包括左右阙门）及左右掖门。
午门是宫城的正大门，是一座三孔门卷两边有双阕的雄伟建筑。楼顶有漂亮奢华的仪凤楼，整个午门平面呈一个倒写的“凹”字型，两边是伸长出去的双阕，双阕源自秦汉时期的建筑形式，到了明故宫时期的午门双阕已经是这种建筑形式的最后残余了。
民国十三年（1924年）午门双阕因建明故宫机场被拆除，只留下了一座三孔门洞，午门之上的五凤楼也早已毁圮。从午门上精美的缠枝如意纹须弥座来看，这种简约但唯美的装饰代表了明初最高规格的建筑风格，也永久的影响了后来的风格，楼顶残留的百余座宽大的柱础，还能管窥原来上面仪凤楼的辉煌。午门遗址以及后面的奉天门遗址现在已经一起被开辟为午朝门公园，为政府公益性的公园。
如今的午门本色，汉白玉须弥座和三孔券门均保存完好，站在午门之上还可以远眺御道街。在南京民间还传有“午朝门”和“五朝门”之名，皆因午门的三门加左右两掖门，合计五门，且均为上朝之门，故有此名。
奉天门始建于1366年（元至正二十六年），从午门入，过内五龙桥，便是奉天门，门内为奉天殿。奉天门遗址东西长58米，南北宽30米。奉天门是皇帝接见大臣议事的地方，即“御门听政”之所。永乐初，明成祖朱棣曾在此举行国宴接见过渤泥国王一行。
明故宫散落遗迹众多，包括地上地下的，和流散文物，此处仅为部分散落遗迹。
南京桂林石屋遗址内的一些明故宫遗迹，有柱栏、石螭等，是原国民党主席林森修建自己的别墅桂林石屋特意从明故宫遗址上“调用”的一批石雕。
浙江菩陀山法雨寺中的明故宫遗迹：清康熙三十八年（1699年），经康熙批准，拆迁南京明故宫宫殿殿琉璃瓦，九龙藻井，丹陛等物发往法雨寺建成九龙大殿（又称圆通殿），九龙殿为国内寺院建筑规格最高的一座佛殿。法雨寺中还保留了原本为明故宫的丹陛、栏板、九龙藻井以及大量的屋顶琉璃瓦、琉璃构件，每一件都十分精彩，弥足珍贵。其中最为珍贵的是从明故宫大殿拆来九龙藻井，被安置在法雨寺九龙殿内中间顶部，九条木雕金龙依然完好，经过修葺但还基本保持原样，充分反映出明故宫建筑风格重气势而不追求过分华丽的“简朴”风格。从法雨寺九龙殿琉璃顶上的明故宫琉璃构件以及其它一些明故宫琉璃构件来看，包括瓦当、滴水、正脊、垂兽、截兽、正吻等，与后来的中国明清官式建筑的琉璃构件十分相象，可见明故宫的建筑风格，装饰风格为中国明清官式建筑的样板，影响其后几百年至今。
明代洪武年间的陶瓷龙纹传世不多，而南京故宫出土的洪武白釉红彩龙纹盘是最有代表性的。其龙纹的造型基本上保持着元代龙纹的形状：头小，颈细，身细长，鳞状龙纹，周围衬托以火焰纹，如意头状朵云；头的疏毛和肘的毛比元代更少，仅三、四条而矣;龙爪五趾，改变了元代时三、四趾的现象，而且这时的五趾相靠较近。
1995年8月中旬，在明故宫皇城遗址内，玉带河西侧施工工地发现一口古井。井直径3米，井壁使用了楔形砖砌成，古井早年荒废，在淘井过程中发现井底横放一排方木，在木排上淤泥中出土了一批白瓷。有白釉瓷盏、白釉瓷盘、白釉瓷爵杯和中国首次发现在白釉上用红色书写“赏赐”的梅瓶。经国内多位古陶瓷专家鉴定，定为明洪武瓷。这是中国惟一的一件明洪武“赏赐”梅瓶，现存于南京博物院，为国家级国宝藏品。此梅瓶高34厘米、底径10.5厘米。细颈、丰肩、瘦长腹、下腹微敛，胫部外撇。腹部有两道明显的胎接痕，底部斑驳釉迹。呈色介于元枢俯釉和明永乐甜白之间，肩部竖写楷书“赏赐”二字，为铁红料釉下彩。此梅瓶和洪武十二年吴祯墓出土的白釉梅瓶相比，更接近元代风格，为明洪武早期产品，是景德镇洪武官窑为朱元璋专门烧制的酒器。井中还出土了白釉盏、白釉盘、白釉爵杯。这批白瓷制作规范，釉色温润，有明永乐甜白之气。盘、盏底足平切，均为细砂底。但无一件有永乐刻款，应晚于“赏赐”梅瓶，是明永乐甜白的前身。值得一提的是白釉盏中，有暗花五爪龙纹产品。从表面看此类盏与其他白釉盏无任何区别，在灯光照下薄薄的盏壁中有锥刻精美的五爪龙纹，白釉盘壁模印五爪龙纹，盘心有浅刻三朵云纹和宝杵纹。两种纹饰是明洪武时期典型的代表纹饰。特别是白釉瓷爵杯，是帝王祭祀用品，生产数量极少，非常珍贵。这批白瓷的出土，证明了明早期洪武官窑的存在，反映了明早期白瓷的面貌。
2003年6月，南京航空航天大学综合办公大楼建设工地发现一座古水井，土了大批明代珍贵文物，其中有件龙泉青瓷大罐，制作甚精，堪称明代龙泉青瓷少有的发现，对于探讨明代龙泉官窑烧造以及元明龙泉青瓷器型演变具有重要意义。井内水位较高，而无淤泥，大量填充于内的是明代各种建筑构件，其中有不少建筑构件发黑，似火烧后留下的痕迹。根据材质的不同，可以将出土文物分为陶器、石器、金属器、瓷器等。陶器除少量韩瓶，余皆为建筑构件，其中又以琉璃构件为大宗。琉璃构件均为黄色，包括各种龙纹瓦当、滴水，各种尺寸的板瓦、筒瓦，角套兽残件，压脊兽残件，吻兽残件等。石器主要是方形铺地砖、石栏杆柱头残件等。金属器主要是用于门窗的各种构件和装饰器件，如大型的铜门窝、圆形或方形铜柱帽、云形铜饰件等等，除此以外还有大面积的铜丝网，金属器皿等。
南京明故宫遗址公园位于南京市城东原明朝皇城遗址，南边以中山东路为界，与午朝门公园隔路相望，北面至北安门桥，由东西两侧明故宫路围合的部分占地约55474平方米，遗址被分为南北两部分。
2005年和2006年的环境综合整治，整治后的公园管理服务用房比过去减少600平方米，只占总面积的4.7%，而绿化面积达35600多平方米，占总面积的70%。
从南大殿进入后首先是以草坪为主基调的基台奉天殿，它和已有的华盖殿、谨身殿，形成以旧制象征性的三大殿须弥座轮廓主景，三大殿四周以青灰色石材铺设，既为游人提供活动空间，又以宫殿传统格局“土”字造型突出宫城主殿格局。
公园后半部分以御花园的绿化为背景，中轴线上以高大的古树银杏树池四周配以青石木条，东侧以亭为主景，配以青砖等不同形式的林间小道，西以一组仿古建筑为主景。北大殿两侧新建两个角亭。在保留原有绿化的基础上，为体现紫禁城的宏伟气势，环境整治中新增铺砖地10000平方米，增加的植物有银杏、香樟、国槐、五针松、红枫、榉树和桂花等名贵乔木700余多株，公园四周栽植法青18000株，形成绿蓠墙，从而形成色彩多样、层次丰富、疏密有致、季相变化明显的皇家园林景观，外五龙桥、午朝门、内五龙桥、明故宫公园、御带河这一纵向城市轴线为明故宫景观的重点。
2011年后，南京市政府规划论证新的保护利用明故宫遗址的方案，并打造成国家级遗址公园。
2015年2月初，国家文物局官方网站公布《关于明故宫遗址核心区环境整治及重点遗迹标识展示工程立项的批复》，文件中写明：“原则同意明故宫遗址御道街景观标识、午门广场环境整治、中山东路道路铺装改造、三大殿台基遗迹标识展示等工程立项。”
2012年，由东南大学教授陈薇领衔设计的《南京明故宫遗址保护总体规（2012~2032）》中提到，保护规划时间跨度为20年，其中按照时间顺序，大致要点为明故宫中轴线中心区的完整保护与展示，即御道街的景观改造、两个遗址公园的本体展示和环境改造；明故宫宫壕的沟通与环境整治；三大殿遗址考古保护棚；复建宫城东北角楼；乾清宫、省躬殿、坤宁宫、社稷庙、太庙的考古展示；西安门、东安门、东华门、西华门等遗址公园的完整与建设等。同时，文物部门还将在明故宫遗址上竖立标识系统，标记出明故宫内各大殿、水系、道路的布局。在不用复建所有宫殿的情况下，能让人们对600年前的明朝皇宫有总体了解。
此次国家文物局的批复书中提到，为了加强对已有考古资料的研究，将由专业考古研究单位在明故宫遗址上补充开展必要的考古工作，明确明故宫遗址的布局特征、营造方式及遗迹保存情况，为环境整治及标识展示工程的实施提供依据。三大殿台基遗迹及两宫生活区的环境整治及标识展示工程，则应注意控制总体景观环境，突出遗址氛围，恰当体现明故宫遗址的核心价值。应深化标识系统的内容设计。科学、全面、准确地阐释遗址内涵，并尽量做到通俗易懂。
明故宫遗址范围内有民国时期建起来的明故宫飞机场，国民政府多个中央机构也建在明故宫原址上。中国第二历史档案馆（原国民党中央党史史料陈列馆旧址）、钟山宾馆（原励志社旧址）以及原国民党中央监察委员会办公楼旧址等建筑均为民国建筑。在将来的明故宫遗址核心区的环境整治中，这些民国建筑将进行原址保护。
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